А за 2 года Яндекс не придумает что то еще.

Придумает. Обязательно. Но основы не затронет, которые навредят белому SEO в пользу черного

Под фильтром были с 26.07.16 по 03.12.17
Когда попали еще не было гарантированных кейсов по выводу.
в итоге снятие ссылок + естественные
позиции и трафик вернулся, но меньше на 30-40%
даже на сегодняшний день полностью восстановить позиции и улучшить до конца не удалось.
ссылки на проект пока не закупаются.

но 4 месяца пока тишина

Надо техподдержку Яндекса бомбить вопросами, раз ссылки сняли

Да, конечно

Что же можно предпринять?

Надо бы аудит сделать Вам, возможно наличие других фильтров, например, текстовых